Il Pontificio Istituto di Musica Sacra è stato fondato da San Pio X nel 1910. La scuola fu aperta il 3 gennaio 1911 e confermata con il breve Expleverunt del 4 novembre dello stesso anno. Il 10 luglio del 1914, con un rescritto della Segreteria di Stato, la Scuola fu dichiarata Pontificia e le fu concessa la facoltà di conferire i gradi accademici. Benedetto XV assegnò come residenza della scuola il palazzo di Sant'Apollinare, trasferendola dalla sede di via del Mascherone (16 ottobre 1914). Pio XI, con il motu proprio Ad musicæ sacræ restitutionem (22 novembre 1922) ne diede gli statuti, confermando l'immediata dipendenza dalla Sede Apostolica.
Con la costituzione apostolica Deus scientiarum Dominus (24 maggio 1931), il Pontificio Istituto di Musica Sacra è stata inclusa tra le università e facoltà pontificie. Pio XII raccomandò vivamente la frequenza dei corsi attraverso una lettera della Segreteria di Stato all'episcopato di tutto il mondo (22 novembre 1953) e nell'enciclica Musicæ sacræ disciplina (25 dicembre 1955). Nell'Istruzione sulla Musica Sacra e la Sacra Liturgia del 3 ottobre 1958, la Sacra Congregazione dei Riti ha rilevato la priorità dell'Istituto romano rispetto alle istituzioni similari. Giovanni XXIII, in occasione del 50° anno di fondazione, con la lettera apostolica Iocunda laudatio ne esaltava l'operato e istituiva una sezione di musica per le missioni (8 dicembre 1961).
San Giovanni Paolo II nel 1983 ha assegnato all'Istituto l'intero immobile dell'abbazia di San Girolamo in Urbe, ove, dall'anno accademico 1984-1985, si svolge l'attività didattica e liturgica. Il 19 gennaio 2001, nel 90° anniversario di fondazione del Pontificio Istituto di Musica Sacra, il corpo e il personale dell'Istituto sono stati ricevuti in udienza particolare da San Giovanni Paolo II.
Il Chirografo sulla Musica Sacra, commemorativo del centenario del Motu proprio Inter sollicitudines di San Pio X, emanato da Giovanni Paolo II il 22 novembre 2003 costituisce un ulteriore segno della predilezione che Egli ebbe nei riguardi dell'Istituto, poiché - ricorda le benemerenze di "questa istituzione accademica ormai centenaria, che ha reso e rende qualificato servizio alla Chiesa " - lo designa quale ente collaboratore della Congregazione per il Culto Divino e la Disciplina dei Sacramenti nel "compito di regolamentare e promuovere la Sacra Liturgia", segnatamente nel "settore della musica sacra liturgica".
Il Pontificio Istituto di Musica Sacra di Roma, in qualità di istituzione accademica e scientifica eretta dalla Sede Apostolica gode di propria personalità giuridica e si regge sulle norme del diritto canonico, su statuti propri approvati dalla Santa Sede. Per facoltà della Sede Apostolica, conferisce i gradi accademici di Baccalaureato, Licenza e Dottorato.
L'Istituto persegue le seguenti finalità: insegnare le discipline liturgico-musicali sotto il profilo pratico, teorico e storico; promuovere la conoscenza e la diffusione del patrimonio tradizionale della musica sacra e favorire espressioni artistiche adeguate alle odierne culture; rendere, per incarico della Chiesa madre di Roma, un servizio alle Chiese locali di tutto il mondo, in vista della formazione dei musicisti di chiesa e dei futuri insegnanti nell'ambito della musica sacra. L'Istituto adempie al suo mandato tramite l'insegnamento delle discipline curriculari, la ricerca e l'analisi storico-estetica, la pubblicazione di opere musicali e scientifiche, l'esecuzione in sede concertistica e liturgica di brani musicali, con l'intento di diffondere il repertorio del passato e del presente.
