Il corso intende formare musicisti altamente qualificati che con la loro sensibilità religiosa, capacità tecniche e conoscenze teoriche esercitino la professione di organista. Essa va intesa quale somma di funzioni che oltre a svolgersi principalmente nell'ambito liturgico, trovano ampio spazio anche in altri campi, quali concertismo, didattica e ricerca.
Il Pontificio Istituto di Musica Sacra rilascia il baccalaureato (3 anni), la licenza (2 anni) e il dottorato in musicologia applicata (3 anni).